Le Département veille à l'organisation des transports scolaires. 

Depuis le 1er janvier 2017, les transports scolaires ont été transféré des conseils départementaux aux régions (excepté le transport scolaire des élèves handicapés). Ainsi, la Région Grand Est organise et finance dans le Haut-Rhin :

240 circuits de transport scolaire pour la desserte des lycées et collèges, assurant ainsi la gratuité du transport scolaire pour les collégiens de moins de 16 ans et la prise en charge de 65 % des frais de transport des collégiens de plus de 16 ans et des lycéens.

65 circuits pour les regroupements pédagogiques intercommunaux. La gestion de ces circuits est déléguée aux organisateurs locaux, principalement des communautés de communes et des syndicats scolaires.

Elle contribue également au transport des élèves sur les réseaux de transports urbains de Colmar, Mulhouse et Saint-Louis et sur le réseau ferré régional.